南京财经大学审计处现设综合审计科和工程审计科等两个科室，目前在岗人员5人，2020年4月学校成立审计委员会，加强学校党委对审计工作的领导。

审计处主要承担学校经济活动的审计监督与服务职能，依据国家法律法规和学校规章制度，开展财务收支审计、内部控制评价、经济责任审计、基建修缮工程审计等专项工作，旨在规范办学行为，提升管理效能，保障资产安全，促进廉政建设，通过专业、规范的审计活动，为学校治理体系和治理能力的现代化提供重要支撑，服务于学校教育事业的高质量发展。